主角乔亚被数码之心选中，穿越到了漫威世界，成为了漫威世界新生的数码宝贝世界中，与创造者世界树、守护者恒常性三足鼎立同位格的执法者。
除了遣返非法入侵现实世界的数码兽之外，还被动卷入了漫威原本的大事件之中。
伴随着人类的科学家对数码世界肆无忌惮的研究和实验，灭亡的危机笼罩在数码世界和现实世界头上。
面对危机，恒常性选择挑选小孩子去战胜邪恶，世界树选择派遣皇家骑士清洗现实世界、消灭人类。
而只有位格，没有对应力量的乔亚，只好一边变强，一边忽悠皇家骑士去砍树。
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